Den bästa lösningen är nog att du gör om alla tabeller till utf-8. Om du skulle börja konvertera mellan charsetsen vid in/utläsning från databasen, vad händer då när en användare skriver in ett tecken som saknar representation i iso-8859-1?
Kom ihåg att du måste köra ALTER TABLE tabell CONVERT TO CHARACTER SET för varje tabell, det räcker inte att bara ändra collation på databasen. Om sajten är live, gå väldigt försiktigt fram